学院现拥有管理科学与工程和控制科学与工程两大一级学科。其中管理科学与工程为一级学科博士学位授予点并设有博士后流动站,2006年被评为江苏省重点学科,主要分为复杂工程项目管理、运营与供应链管理、复杂系统分析与优化、金融服务与金融管理四个学科方向。控制科学与工程为一级学科硕士学位授予点,主要分为管理-控制一体化、智能信息处理与智能系统、复杂系统控制理论与技术三个学科方向。